A Sió-csatorna két szakaszra osztható:
Az alsó, Kapos-torkolat alatti szakaszon a Sió állandó vízfolyásként üzemel, mert a Kapos vízhozamai ezt biztosítani tudják. Az alsó szakasz (0+000-79+477 fkm) bal partján a 68+525 tkm szelvényig árvízvédelmi fővédvonal húzódik. A torkolattól Sióagárdig a jobb parton 18,3 km hosszban árvízvédelmi töltés épült, egyéb helyeken magas part határolja.
A felső szakaszon (79+477-120+854 fkm) a meder terepbe mélyítve, depóniák között halad.
A Sió, mint víziút
A Sió-csatorna vízjárását a betorkolló vízfolyások - elsősorban a Kapos és a Nádor csatorna- természetes vízhozama, továbbá a vízlépcsők üzemeltetése, a Balaton vízeresztése, a Sió Torkolati Mű (Árvízkapu) duzzasztása, valamint a Duna vízállásviszonyai határozzák meg. A csatornában összegyűlő természetes vízhozamok általában nem töltik fel a mederszelvényt olyan mértékben és tartósan, hogy abban a folyamatos és biztonságos hajózáshoz szükséges viziút feltételei előálljanak. A Sió csatorna teljes hosszán csak tartós, legalább 30-35 m3/s intenzitású balatoni vízeresztéssel, mesterségesen állíthatók elő a folyamatos hajózáshoz szükséges viziút méretek és hajózási vízszintek.
A vízjárási viszonyok és a viziút paramétereinek figyelembe vételével hajózási szempontból a Sió-csatorna két, egymástól jól elkülöníthető szakaszra osztható:
1. A Duna torkolat és a Nádor-csatorna torkolata (22+500) közötti szakasz
§ a viziút minősítése: belvízi
§ a viziút jellege: csatorna
§ a viziút osztálya: IV.
2. A Nádor-csatorna torkolata (22+500) és Siófok közötti szakasz
§ a viziút minősítése: belvízi
§ a viziút jellege: csatorna
§ a viziút osztálya: IV/időszakos
A Sió-csatorna a Magyar Állam tulajdonában lévő, nem forgalomképes vízi létesítmény, kezelője a Közép-dunántúli Vízügyi Igazgatóság.
A Sió-csatorna a Siófoki vízszintszabályozó műtárgynál ágazik ki a Balatonból és északnyugat-délkelet irányban Fejér és Tolna vármegye határában halad a Duna felé. A Sió-csatorna hossza ~121 km, befogadója a Duna jp. 1497 fkm szelvénye.
A Sió-csatorna a Közép-Dunántúl vízrendszerének gerincét jelenti. A csatorna a Siófoki vízszintszabályzó műtárggyal a Balaton vízszintszabályozásának egyetlen lehetőségét adja. Vízszállító képességének jelentős szerepe van a Balaton és vízgyűjtőjének vízgazdálkodási alakításában. Összegyűjti és szállítja a Közép-Dunántúl középső területeinek vizeit, befogadója a Nádor-csatornának, a Kapos és a Völgységi-patakon kívül több kisebb vízfolyásnak és tisztított ipari, illetve kommunális szennyvizeknek is.